全南县人民检察院始建于1955年5月，设检察长、书记员各1人。1956年，增设秘书、检察员，工作人员增至8人。1964年9月，设立检察委员会。1967年春，县检察院因受“文化大革命”冲击，陷于瘫痪，先后由县军管会和保卫部行使检察权。

1978年6月，中共全南县委决定恢复重建全南县人民检察院。同年6月27日，县委发出《关于恢复全南县人民检察院的通知》；7月1日，全南县人民检察院正式挂牌办公，办公地址设在县公安局院内；8月14日，县人民检察院重新恢复检察委员会的业务领导机构；8月15日，中共全南县人民检察院党组成立；同年11月，县人民检察院设立四科一室，分别是审查批捕科、审查起诉科、经济检察科、法纪检察科和办公室，检察业务工作从此走上了正轨。 

80年代，检察机关的职能从最初的审查批捕、审查起诉工作发展成为刑事检察、经济检察、法纪检察，检察工作也从配合公安机关、人民法院打击刑事犯罪转为全面履行法律赋予检察机关的各项法律监督职责。

进入90年代，县人民检察院内设机构增设控告申诉科、民事行政检察科和检察技术科，又将刑事检察科分设为审查批捕科和审查起诉科，同时还将原经济检察科更名为反贪污贿赂局。2017年，按照中央、省、市司法体制改革要求，紧紧围绕司法责任制改革，积极推进人员分类管理改革，遴选了首批13名员额制检察官，大批业务骨干回归办案一线，入额院领导全部依照规定带头办案。推行办案责任制，细化各类检察人员权力清单，完善办案责任体系。2017年12月19日，根据《省纪委 省检察院 省编办关于划转赣州市检察院系统编制的通知》（赣编办发【2017】131号）决定，全南县检察院划转政法专项编制8名到县纪委系统，全南县人民检察院政法专项编制减为29名。2017年12月29日，根据《中共全南县委办公室关于印发<全南县深化监察体制改革试点工作实施方案>的通知》，全南县人民检察院反贪、反渎、预防职务犯罪等部门人员6名整体划转。

全南县人民检察院现有政法专项编制28个，在编在岗26人，合同制聘用人员8人，聘用制书记员16人，干警平均年龄42岁，其中40岁以下干警11人，班子成员8人，班子成员平均年龄46岁。全院具有大学本科以上学历的有25人，占96%，法律专业毕业的为23人，占88%，在职研究生学历2人，全日制研究生学历3人，党员干警24人，占92%。目前，该院共有内设机构5个，即办公室、政治部、第一检察部、第二检察部、第三检察部。

全南县人民检察院始终围绕“强化法律监督、维护公平正义”的工作主题，全面履行法律监督职能，检察业务、检察队伍、检务保障呈现协调发展的良好势头。去年换届以来，先后4次受到县级以上表彰，今年3月，荣获全市“2021年度公众满意政法单位”和“全市检察机关2021年度考核先进单位”，4月被江西省委省政府授予“第十六届江西省文明单位”荣誉称号。