全南县人民检察院始建于1955年5月，设检察长、书记员各1人。1956年，增设秘书、检察员，工作人员增至8人。1964年9月，设立检察委员会。1967年春，县检察院因受“文化大革命”冲击，陷于瘫痪，先后由县军管会和保卫部行使检察权。

1978年6月，中共全南县委决定恢复重建全南县人民检察院。同年6月27日，县委发出《关于恢复全南县人民检察院的通知》；7月1日，全南县人民检察院正式挂牌办公，办公地址设在县公安局院内；8月14日，县人民检察院重新恢复检察委员会的业务领导机构；8月15日，中共全南县人民检察院党组成立；同年11月，县人民检察院设立四科一室，分别是审查批捕科、审查起诉科、经济检察科、法纪检察科和办公室，检察业务工作从此走上了正轨。

80年代，检察机关的职能从最初的审查批捕、审查起诉工作发展成为刑事检察、经济检察、法纪检察，检察工作也从配合公安机关、人民法院打击刑事犯罪转为全面履行法律赋予检察机关的各项法律监督职责。

进入90年代，县人民检察院内设机构增设控告申诉科、民事行政检察科和检察技术科，又将刑事检察科分设为审查批捕科和审查起诉科，同时还将原经济检察科更名为反贪污贿赂局。2017年，按照中央、省、市司法体制改革要求，紧紧围绕司法责任制改革，积极推进人员分类管理改革，遴选了首批13名员额制检察官，大批业务骨干回归办案一线，入额院领导全部依照规定带头办案。推行办案责任制，细化各类检察人员权力清单，完善办案责任体系。2017年12月19日，根据《省纪委 省检察院 省编办关于划转赣州市检察院系统编制的通知》（赣编办发【2017】131号）决定，全南县检察院划转政法专项编制8名到县纪委系统，全南县人民检察院政法专项编制减为29名。2017年12月29日，根据《中共全南县委办公室关于印发<全南县深化监察体制改革试点工作实施方案>的通知》，全南县人民检察院反贪、反渎、预防职务犯罪等部门人员6名整体划转。

全南县人民检察院现有28个政法专项编制，实有28名干警及其他工作人员31人，共计59人。其中院领导班子8人，员额检察官12人，检察官助理11人，司法警察2人，行政人员3人，省聘书记员10人，辅警人员15人，其他聘用人员6人。院领导班子平均年龄44.5岁（80后班子领导4人），干警平均年龄39.6岁。其中35岁（不含）以下干警11人（男性3人、女性8人）；35-49岁干警7人；50岁及以上干警10人；第一学历为法学类专业的18人（其中本科学历11人、研究生学历3人）。内设部门5个，即第一检察部、第二检察部、第三检察部、办公室和政治部。全院占地面积5300余平方米，内有两栋大楼，一栋是行政办公大楼，还有一栋是综合大楼，院内设有“全宝慧姐之家”综合工作区、室内外文体活动室等场所。